Jürgen Nagels künstlerische Produktion reicht vom fotografischen Material bis zur Literatur, die ihn schließlich zwischen 1979 und 1981 in den Fokus der Stasi rückte. Neben offiziell in Auftrag gegebenen dokumentierten Ereignissen setzte sich Nagel aktiv für die Verewigung von Motiven in seiner unmittelbaren Umgebung in der DDR ein. Der Fotograf hat in seiner Arbeit eine klare Trennung zwischen Auftragsfotografien für Messen, Zeitschriften, Industrie und künstlerischer Produktion gemacht.
Nagel nutzte sein staatlich gefördertes Einkommen zur Unterstützung seiner künstlerischen Produktion für andere Themen, welche dem Künstler als relevant erschienen. Im Vergleich zu seinen Auftragsarbeiten, für die er oft Filme in Farbe verwendete, arbeitete Nagel dabei mit Schwarz-Weiß-Filmen. Diese gestaltete er vielseitig von Straßenszenen über Porträts bis zu bröckelnden Gebäuden und Baustellen in Berlin Marzahn, zu den jüdischen Friedhöfen in Berlin, bis hin zu Paraden und Slogans. Dennoch wurden die Novemberdemonstrationen 1989 in Berlin und die letzten Tage der DDR im Oktober 1990 ausführlich dokumentiert. Nagel verwendet oft das Serienformat, mit hinzu der Grund, warum seine Bilder, durch die bestehende Verbindungen zwischen ihnen so gut verstanden werden konnten. Zu seiner bedeutendsten Reihe gehören "Begegnungen" (Porträts Berliner Künstler, 1976), "Spurensicherung" (1979-1989), "Marzahn III" (Dokumentarsammlung, Leben unter Beton 1981? 1990) und "Zum Beispiel Cismar" (Porträtszyklus, Cismar 1997).
Während der DDR im Jahr 1983 wurden Nagels Fotos in den Kunstausstellungen zu den Evangelischen Kirchentagen, 1984 und 1985 im Museum für Deutsche Geschichte in Berlin und in der Staatlichen Kunstsammlungen Dresden (Kupferstich-Kabinett der Staatlichen Kunstsammlungen) ausgestellt und schließlich erworben. Nach der deutschen Wiedervereinigung kauften weitere Institutionen seine Fotos. Darunter das Märkische Museum, die Berlinische Galerie, das Heimatmuseum Marzahn, das Matthias-Domaschk-Archiv, das Museum für Alltagskultur der DDR Eisenhüttenstadt, das Musée de l'Elysée Lausanne und verschiedene private Sammlungen. Nagel behielt alle Negative in seinem persönlichen Archiv.
Teile der Fotodokumentation von Jürgen Nagel wurden bereits 1991 vom Deutschen Historischen Museum erworben. Der Fotograf war sich der politischen Veränderungen bewusst und wandte sich bereits 1990 an das Deutsche Historische Museum, um seine Arbeiten mit dem Museum zu teilen. Da das Museum zu dieser Zeit noch kein eigenes Museumsgebäude hatte, sondern nur einen Neubau projektierte, erwarb das Museum anschließend die Nutzungsrechte für eine Reihe von Jürgen Nagel-Fotos. Diese sind bedeutsam für die Dokumentation des Alltags in der DDR und gehen damit über die offiziell inszenierte Repräsentation der DDR und ihre Auflösung während der Ereignisse von 1989-1990 hinaus.
Die aktuelle Fotodokumentation im Deutschen Historischen Museum umfasst rund 400 Fotos. Diese wurden in verschiedenen Ausstellungen des Deutschen Historischen Museums und anderer Museen gezeigt. Darunter ist die vom DHM 2009 veranstaltete Ausstellung "Das Jahr 1989. Bilder einer Zeitenwende" (1989. Photographs of the Turn of an Era) zu nennen.
