In der DDR lag die Erziehung und Schulbildung zwar fest in der Hand der SED, doch 1950 durfte die evangelische Kirche auf der Insel Hermannswerder bei Potsdam ein Priesterseminar eröffnen. Es bot zuerst Männern und später auch Frauen, denen der Besuch einer höheren Schule verboten war, die Möglichkeit ein Abitur abzulegen, das sie zum Studium der Theologie oder Kirchenmusik berechtigte. In der DDR wurde Schülern und Schülerinnen häufig der Besuch einer höheren Schule aus religiösen und/oder politischen Gründen verweigert. Insbesondere Pfarrerskinder konnten sich am KOS ausbilden lassen.
Neben steigenden Schülerzahlen brachten die 70er Jahre auch Veränderungen im Lehrplan, der nun mehr Fächer einschloss, welche nicht direkter Teil der Vorbereitungen auf ein Theologiestudium waren. So wurde zum Beispiel ein neusprachlicher Zweig eingeführt. 1982 wurde sogar der Lehrplan Nordrhein-Westfalens übernommen, den die SchülerInnen von da an auf ihrem Weg zum Abitur absolvierten.
Das Institut war ständig im Visier der Staatssicherheit und Hausdurchsuchungen nach verbotenen Materialen waren an der Tagesordnung. Ein besonderer Dorn im Auge waren der Regierung auch die Jugendsonntage, die ab 1949 jährlich auf der Insel stattfanden. Jugendliche diskutierten dort abseits von sozialistischen Einflüssen, wie sie ein christliches Leben führen könnten. Selbst ein später erfolgtes Verbot konnte die Treffen nicht verhindern, da auch ohne offizielle Ankündigungen die Termine mündlich weitergegeben wurden.
Neben den Jugendsonntagen fanden auf der Insel auch Synoden und später auch Radsternfahrten und Umweltschutztreffen statt.
Nach der Wende wurden die am KOS erzielten Abschlüsse nachträglich als allgemeine Hochschulreife anerkannt und die Absolventen hatten so die Möglichkeit mehr als Theologie und Kirchenmusik zu studieren. Heute dient es als evangelisches Gymnasium.
