Schon als Jugendlicher nahm Andreas Ilse regelmäßig an Sommerlagern der Aktion Sühnezeichen teil. Er begab sich frühzeitig in Widerspruch zur DDR. Weil sein Vater als Pfarrer tätig war, wurde er zunächst nicht zum Abitur zugelassen. Aus einer christlich-pazifistischen Grundhaltung heraus spielte er mit dem Gedanken an Totalverweigerung, der sich nach dem Einmarsch der Roten Armee in Afghanistan im Dezember 1979 noch verstärkte.
Schließlich wurde Ilse Bausoldat und beteiligte sich an Arbeitskreisen, die sowohl Aufklärung über den schulischen Wehrkundeunterricht betrieben als auch republikweit Seminare zur Wehrdienstberatung anboten. Daneben engagierte er sich in Halle bei Umweltschutzgruppen.
Sein Abitur konnte Andreas Ilse später nachholen. 1986 kam er als Student nach Jena. Dort fand er zu den "Künstlern für Andere", deren Ziel darin bestand, Künstlerinnen und Künstlern jenseits der offiziellen Kulturpolitik Auftrittsmöglichkeiten zu verschaffen. Aus diesem Netzwerk entwickelte sich nach 1990 der Trägerverein des Thüringer Archivs für Zeitgeschichte "Matthias Domaschk". Er wurde Vorsitzender dieses Vereins, schloss sein Studium ab und arbeitet heute als Berater im Bundesfreiwilligendienst.